Disamping Struktur kepengurusan, Pagar Nusa memiliki perangkat organisasi yang dibentuk hanya ditingkat pusat sbb :

DEWAN BESAR GURU KHOS
Yaitu Ulama - Ulama Sepuh yang sangat mumpuni baik lahir maupun batin yang menjadi rujukan terakhir bagi keputusan - keputusan penting dan merupakan back up utama LPSNU
Dewan Besar Guru Khos antara lain :

KH. ABDULLAH FAQIH KH. HABIB JAKFAR
KH. ABDULLAH ABBAS KH. M.A. FU’AD HASYIM
KH. HABIB LUTFI KH. MUSLIMIN IMAM PURO
KH. SUFYAN KH. KHOTIB UMAR
KH. MASDUQI MAHFUDZ

DEWAN GURU KHOS
Dewan ini terdiri dari Ulama - Ulama Sepuh yang sangat mumpuni baik lahir maupun batin yang menjadi sumber secara langsung dalam memberi masukan bagi kemajuan dan kesuksesan LPSNU Pagar Nusa.
Dewan Guru Khos antara lain :

KH. R. KHOLIL AS’AD KH. SYAIFUL ISLAM
KH. AGUS HALIM KH. SA’DAN MAFTUCH
KH. ALY MASHURI KH. ROFI’I
KH. ABDULLAH KH. SU’UD IBRAHIM
KH. AGUS BUSTOMI KH. NURKHOLIS

DEWAN KHOS
Dewan ini merupakan motor penggerak dan dapur organisasi yang menggali, menggodok dan merumuskan segala hal yang berkaitan dengan pencak silat dan beladiri untuk kemudian disosialisasikan di tingkat kepengurusan dan operasional.
Dewan ini juga merupakan back up langsung jembatan penghubung antara orang - orang khusus ( khos ) dengan kepengurusansecara operasional.
Dewan Khos antara lain :

PROF. DR. H. SUHAR BILLAH, SH.MBA KH. IMAM FAUZI
DRS. H. HUSNAN SANUSI DRS. SUNOTO
H. TIMBUL WIJAYA ZAINAL SUWARI
KH. KHOIRUL ANAM DRS. MAHSUN
KH. SU’UDI BAGIYONO
H. AFANDI MAS’UD MUJAHIDIN

PASUKAN KHOS

Adalah orang - orang khusus yang memiliki keahlian tertentu yang terjun langsung di lapangan.

PASUKAN INTI / PASTI

Pasukan ini dibentuk dengan kualifikasi tertentu guna memenuhi kebutuhan dalam kaitannya dengan keorganisasian dan kemasyarakatan

PERKEMBANGAN, POTENSI DAN PRESTASI

PERKEMBANGAN DAN POTENSI
Sejak LPSNU Pagar Nusa berdiri 3 Januari 1986, organisasi ini mengalami pasang surut dalam perjalanannya. Oraganisasi yang pertama kali berdiri berbentuk perguruan ini setelah beberapa kali melakukan Musyawarah Nasional dan Rakernas mengalami perubahan status sebagai Lembaga, lalu menjadi Badan Otonom kemudian kembali ke Lembaga lagi sesuai amanat Muktamar di masanya.
Perubahan dan perkembangan tersebut tidak mengurangi bahkan menambah potensi Pagar Nusa di NU yang memang sangat kaya akan budaya pencak silat dan yang berkaitan dengan itu.
Wilayah yang sudah terbentuk meliputi seluruh Indonesia sbb :
Batam : Sudah berdiri sebagai Komisariat atas Daerah Otorita
Sumatra : Seluruh Sumatra kecuali Aceh
Jawa : Seluruh Jawa, kecuali Jawa Barat tetapi di tingkat cabang
seperti Cirebon, Bandung dll sudah ada
Bali : Seluruh daerah sudah ada
NTB : Seluruhnya
Kalimantan : Seluruh Kalimantan
Sulawesi : Baru di Sulawesi Utara dan SulawesiTenggara
Irian Jaya : Sudah beberapa daerah.
Wilayah lain yang belum terbentuk adalah Maluku dan NTT